《四库全书总目》在这个问题上可谓铺张扬厉,尽抒己见。它首先肯定《中原音韵》的合理内核,认为它乃是据北音、为北曲而作:“乐府既为北调,自应歌以北音。既已别立专门,自宜各为一谱。此亦理势之自然。”指出它能够被作北曲者接受并沿用下来的原因,是“自然”得“宜”,适应了当时的实际情况。这其实也是《总目》的一贯态度。在《顾曲杂言》提要里,《总目》认为沈德符“北曲以弦索为主,板有定制;南曲笙笛,不妨长短其声以就板”之说“颇为精确”。《琼林雅韵》提要亦云:“曲韵自用方音,不能据古韵为增减。”持论都非常通达。
继而,《总目》指出《中原音韵》的不足:掊击古音,拘于一偏,主持太过。这说明它并不是一部完美无缺、万古不移的定律。
然后,《总目》以诗、骚而下各种经典作品,论述“语言各有方域,时代递有变迁,文章亦各有体裁”,归结到“文章用韵,各因体裁”。此前,《总目》已多次表明“曲”体不同于其他,那么,隐含的意思是:曲自有其体。于是,很自然地得出本里巷之乐,不可律以正声。”就是说,“曲”源于民间,“体”、“韵”自有不同,不能用一般的正声雅韵去要求。而从历史考察,“三百年”间亦无“词韵”,“间或参以方音,但取歌者顺吻,听者悦耳而已矣。”于是引出后面的议论:“德清后来变例,据一时以排千古,其慎殊甚。音史,塞注音死,今日四海之内,宁有此音,不又将执以排德清哉?然德清轻诋古书,所见虽谬,而所定之谱,则至今为北曲之准绳。或以变乱古法诋之,是又不知乐府之韵本于韵外别行矣。”