为了追求节目的高品质和职业化，《新闻调查》设置了最专业化的细致分工，有制片人、记者、编导、摄像、录音、策划、秘书、制片、统筹、后期制作等工种。一个节目的完成，需要这些工种分工合作。制片人负责栏目的整体运作和日常管理，栏目实行制片人负责制。记者，专司采访，编导整体把握结构故事，摄像实现内容的影像化，录音负责声音的纪录和表达，等等，每个人都把自己的专业特点都发挥到极致，以确保这个栏目的高品质。
在专业化分工的基础上，为保证节目生产运作的效率，从2003年开始《新闻调查》在中国人民大学的人力资源专家的帮助下，在中国电视界首次引入资源管理的概念，建立了一整套有效的管理机制。包括：绩效评估体系；调查性报道的风险机制；记者中心制；积极借助外脑等等。
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